主人公在城都地区的若叶镇开始自己的旅行。首先要在空木博士处领取一只初学者神奇宝贝。此时主人公有三个选择：炎系的火球鼠，水系的小锯鳄，草系的菊草叶。之后，玩家就可以开始旅行了。在旅行的途中，需要从坐落于各地的道馆收集八个徽章来获得挑战神奇宝贝联盟的资格，还需要与路上各式各样的训练家和野生神奇宝贝对战，并且收服想要的野生神奇宝贝，组成自己的对战队伍。主人公也需要与邪恶组织火箭队对抗，阻止他们复活的妄想。主人公还可能在游戏中遇见传说中的神奇宝贝，如水君，炎帝与雷公。运气好的话还可以遇见凤王与洛奇亚，这些游戏要素都需要自己去发掘。
1、玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本
2、增加雪拉比的gs球(道具)剧情，可以捕捉雪拉比
3、凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公
4、伊布、波克基斯、大嘴雀、大舌头等精灵加入其中
5、冰之通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。烧焦塔全部重新设计。神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计。雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像，部分训练家的台词改变。地点变化：在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。部份训练家站立的位置做了调整。关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动
6、水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标
7、全新的剧情将会随着全新的冒险地区来展开给玩家
1、这款游戏也让我领略到了其中的快乐。途径非常的多，于是我就非常快乐的玩了下去
2、我也想像他们一样，有自己的宠物和他们都一样的
3、在这款改版中玩家将会体验全新故事情节，而且除了水晶原来的精灵外还二外收录了初代的经典精灵，让玩家们能够来在冒险的旅途中找寻更多的精灵伙伴
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