红色警戒99游戏的剧情并没有任何修改。红色警戒99并非红色警戒95的续篇。1950年，爱因斯坦博士发明了时间机器，回到了1933年，并杀死了千古罪人希特勒。起初爱因斯坦认为这样做避免了第二次世界大战，可以换来世界和平。
在游戏中有盟军和苏联两个阵营可供选择，盟军阵营共有英国、美国、法国、德国、韩国。苏联阵营共有苏俄、古巴、伊拉克、利比亚。
所有部队杀害敌人越多，就能累计越多的经验的，经验到达一定水平单位可以升级，升级后的单位行进速度、生命值、闪避率、开火速度都会提升。
双方阵营都有超级武器，能给予对手致命的攻击。
其中包括了铁幕装置、核弹发射井、天气控制器、超时空传送仪，尤里的复仇中新增了心灵控制器和基因突变器。
