《网络奇兵2》在故事情节上延续上一代。前代捣乱的那部超级电脑又借尸还魂，并且接管了一艘超光速太空船，而你就必须想办法解决掉它，而这次你的敌人不止那部电脑，还会有许多异星生物前来捣乱。与前一代相比，《网络奇兵2》除了全都是3D的画面效果外，游戏基本的介面并没有太大的改变，不过在内容方面还是有许多新意。玩家在《网络奇兵2》里所扮演的是一个经过生物机械改造的强化人，能够通过外加的零件来提升自己的能力，而属性与技能要用“升级模组”来增强，玩家在游戏中取得重大进展后就能得到一些模组，当然也有一些模组能够在各处拣到。
游戏的内容与属性设定可以说十分新颖，在同类游戏中并不多见。游戏中的各种属性除了玩家常见的力量、耐力及灵敏度外，还有心灵力用来决定玩者施展心灵术的成功机会和效果，以及神经机械能力一起决定玩家操作机器及侵入系统的成功机会。技能与属性关系十分密切，如有些枪可能要求玩家有三级以上的“能量武器”技能才能使用，使用它的命中率则取决于玩者的“灵敏度”属性。
特别值得一提的一个能力就是心灵力。在游戏中，心灵力其实就是魔法类型游戏中的魔法力。游戏中一共能学到三十五种心灵术，分成五个等级。其中除了攻击性以及防御性的心灵术之外，还有不少是解谜专用的技能。譬如“隔空取物” 能让玩家隔着重重的自动炮塔，把开门必须的密码卡吸到自己的手上；“电子干扰 ”能让玩者周围的保全系统都暂时失控。《网络奇兵2》中的心灵力是很具有创意的设计，提供了崭新的解谜方式，这是其他游戏中少见的。
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